东莞洁净室，是按照使用洁净室的工业部门种类以及洁净室内进行的工作性质来划分不同的级别。级别分别有一级、十级、百级、千级、万级、十万级。东莞洁净室不同级别，也有不同的应用。

一级洁净室：通常这一级的洁净室主要用于制造集成电路的微电子工业，对集成电路的精度要求是亚微米。

十级洁净室：主要用于带宽小于2微米的半导体工业。

百级洁净室：这是东莞洁净室最常用也是最重要的洁净室。百级洁净室可用于医药工业的无菌制造，大量应用于植入体内物品的制造；外科手术，包括移植手术；集成电路的制造；对细菌感染特别敏感的病人的隔离治疗，如骨髓移植病人术后的隔离治疗。有一点有记住的是百级洁净室不等于无菌室，要注意区分。

千级洁净室：这是主要用于高质量光学产品的生产，也用于测试、装配飞机陀螺仪，装配高质量微型轴承等等。

万级洁净室：主要用于液压设备或气压设备的装配，在某些情况下也会用于食品饮料工业。万级洁净室也很常用于医药工业中。

十万级洁净室：跟万级洁净室一样，在医药工业中也常使用十万级洁净室。其他的多应用在工业部门，先光学产品的制造，用较小的元器件制造大型的电子系统，液压或气压系统的制造、食品饮料的生产。

东莞洁净室的应用不是单一的，有时在同一个车间，会同时安装不同级别的洁净室，通常是高洁净度包含在较低洁净度里面。